12月22日，第二届全球AI药物研发算法大赛决赛答辩暨颁奖典礼在清华大学生物医学馆举行。大赛从2024年7月11日正式启动，吸引了来自全球226支团队的656人报名参赛，经过三个月的初赛与复赛，最终7支团队晋级总决赛。
第二届全球AI药物研发算法大赛，是由清华大学药学院、百度飞桨、Intel共同主办的一项全球性技术创新大赛，旨在借助百度飞桨螺旋桨在生物计算方向上的算法优势，通过AI Studio平台，探索AI+药学领域前沿技术，挖掘和培育优秀人才。
总决赛开幕式上，清华大学药学院副院长陈立功致开幕辞，并对全球范围内生物计算、人工智能等相关专业的高校师生、企业、科研机构及开发者参赛团队表示热烈欢迎。他表示，本次赛题聚焦于分子量子化学性质预测任务，且需要在有限的训练数据集上训练模型，构建出泛化能力优秀的模型，非常具有挑战难度。期望通过本次比赛，推动分子表示学习领域的技术创新，产学研合作在AI 药物研发领域做大做强，也为药物研发提供更多新思路和新方法。
北京大学定量生物学中心特聘研究员裴剑锋先生、清华大学智能产业研究院兰艳艳教授、中国科学院上海药物研究所研究员郑明月先生、加拿大魁北克省人工智能研究中心（Mila）终身教授唐建先生、浙江大学药学院求是特聘教授侯廷军先生、清华大学药学院研究员田博学先生共同担任本次决赛评委并出席了颁奖典礼。此外，百度飞桨教育生态运营负责人钱芳女士以及百度资深产品设计师、百度飞桨螺旋桨PaddleHelix产品负责人张肖男女士作为嘉宾出席了本次比赛。
（评委们对团队的答辩进行提问和点评）
七强逐鹿决赛现场
进入决赛的七支队伍各具特色，有的来自顶尖高校，凭借深厚的学术底蕴和前沿的科研成果崭露头角；有的扎根于科研机构，在长期的实践中积累了丰富的经验和独特的技术优势；还有的来自企业，将市场需求与技术创新紧密结合，展现出强大的应用能力。
经过激烈的角逐，来自同济大学的TJ-AI4S 团队获得一等奖。这支团队由同济大学计算机科学与技术学院、生命科学与技术学院和教育部“细胞干性与命运编辑”前沿科学中心的教师和学生组成。团队设计提出了一种灵活的、通用的特征与标签延拓，旨在模拟构造多样化的分子伪YOOD和伪XYOOD数据，进而提升模型在分布外数据的泛化能力，具备方案简单、准确率高、参数量少、通用性强的优势。
来自中国科学院上海药物研究所的“打不过就学”团队和来自复旦大学的“小老正”团队获得了二等奖。其中，“打不过就学”团队结合几何预训练，多构象以及子结构不变性改进的等变网络VisNet缓解分子性质预测中的OOD问题。“小老正”团队则聚焦倍半萜类分子量子化学性质预测挑战，通过精心设计的融合策略，成功整合多种模型优势，实现了倍半萜类分子量子化学性质预测精度的显著提升。
“paipai”、“我只摸鱼不划水”、“计算机也是化学”和“深度玄学”团队获得了三等奖。在决赛的舞台上，他们各展其才，清晰地阐述着自己团队方案策略、亮点优势，面对评委专家的犀利提问，也能沉着应对、对答如流，展现了极高的专业素养和团队协作精神。
开创AI药物研发新局面
人工智能正逐步展现在药物研发领域的变革之力。特别是在小分子药物的探索中，AI技术凭借其精准预测药物安全性和有效性的潜力，有望大幅缩短研发周期，降低研发成本。而当前算法研究的重点是如何提升模型的泛化能力。
清华大学药学院、百度飞桨及Intel为本次大赛提供了强力支持。Intel自1985年进入中国市场以来，始终重视技术创新和生态合作，积极支持人才培养和社区建设。百度飞桨螺旋桨（PaddleH5lix）是基于飞桨深度学习框架打造的“AI+生物”计算平台，以赛促学，鼓励参赛者设计出能够灵活适应并泛化至多种不同类型分子的表示学习算法。
这次比赛不仅促进了AI与药学领域的合作与发展，还为解决药物研发中的关键问题提供了新的思路和方法，为培养更多AI与生物医药交叉学科的人才做出了积极贡献。
未来，百度飞桨将继续在技术创新、人才培养、行业推动等方面发挥作用，与以清华大学药学院为代表的产学研用各方携手努力，引领 AI 药物研发领域朝着更加高效、精准、智能的方向发展，加快我国AI制药产业的人才培养，共同开创我国AI制药领域的新局面。
